Din istoria primei mănăstiri a Humorului se cunosc puține până astăzi. Un act de danie al lui Alexandru cel Bun pomenește pentru prima oară în 1415 de mănăstirea panului Ivan Vornicul care este la Humor, iar prin alte două acte, din 1428 și 1429, același voievod dăruiește trei sate fiilor lui Ivan Vornicul de la Humor unde este și mănăstirea lor. Așadar, la începutul veacului al XV-lea ea exista.
Faptul că aparținea unei familii nu este de mirare, știut fiind că, în acea vreme, și domnii și marii dregători își ridicau mănăstiri care erau supuse, ca și orice moșie, acelorași condiții de proprietate, moștenire sau înstrăinare, specific orânduirii feudale. Nu se știe exact când și nu se cunoaște cauza ruinării care pare să fi avut loc în jurul anului 1527.
În 1530 o nouă mănăstire ia locul celei vechi. Pe aceleași locuri, la distanța de numai 100 de metri, logofătul Teodor Bubuiog ridica noua mănăstire care există și astăzi. Potrivit obiceiului, ctitorul a clădit odată cu biserica și chilii pentru călugări și ziduri înconjurătoare. În anul 1641, domnitorul Vasile Lupu (1634-1653) a încojurat ctitoria logofătului Toader Bubuiog cu ziduri durabile de piatră și a construit un turn masiv cu parter și trei etaje. În anul 1653, cazacii lui Timuș Hmelnițki au jefuit și incendiat locașul de cult.
Viața monahală a călugărilor a fost întreruptă în 1785, la anexarea Bucovinei de către imperiul Habsburgic. După Unirea Bucovinei cu România (1918), biserica fostei mănăstiri Humor a continuat să funcționeze ca biserică de parohie, iar datorită frumuseții artistice a fost integrată circuitului turistic. Abia în iulie 1991, prin hotărârea arhiepiscopului Pimen Zainea al Sucevei și Rădăuților, Mănăstirea Humor a fost reactivată ca așezământ monahal de maici.
Această mănăstire s-a bucurat de o atenție deosebită din partea lui Alexandru cel Bun și a altor domnitori, în special Ștefan cel Mare și Petru Rareș.